Лучше не морочь себе голову и бери готовое решение. Я пользовался для этих целей хорошим тузлом СreateInstall Free и точно помню, что он поддерживает создание ярлыков на рабочем столе и в меню. Там и деинсталляция есть.
Только не забудь проверить запускается ли твое приложение не с текущей директории и не напутай там с путями, а то ярлыки будут битыми 
